La ciencia, fundamentalmente, es un modo de producir el conocimiento. El momento crucial en el nacimiento de una ciencia lo constituye la definición de un objeto particular de estudio. La ciencia así establecida adopta los métodos particulares de investigación conforme a las restricciones que la naturaleza de los fenómenos estudiados le imponen. Por eso, la distinción entre ciencias formales, ciencias naturales y ciencias histórico-sociales se refiere a las características y limitaciones de las metodologías particulares necesarias según el objeto de estudio. Estas diferencias devienen de la moralidad del campo de fenómenos estudiado, o sea, de su complejidad.
Desde un punto de vista particular, la distinción entre los tres grupos de ciencias puede delimitarse con base en la posibilidad que tiene el científico de manipular "a voluntad" el campo de fenómenos estudiado o al correlato empírico directo del lenguaje descriptivo utilizado. Intentaremos aclarar esta afirmación. Por ejemplo, las ciencias formales en las que se puede ubicar a la lógica y la matemática, constituyen lenguajes simbólicos que se estudian independientemente de su utilidad descriptiva de una realidad física o social. Son productos verbales, cuya interrelación de acuerdo con ciertas convenciones y definiciones constituye el objeto de estudio. En este sentido, las disciplinas formales pueden considerarse lenguajes generales o metalenguajes más que ciencias en sentido estricto, pues carecen de un objeto de estudio independiente a su método y lenguaje. Sin embargo, esto no impide que puedan emplearse en referencia a eventos empíricos. Así, entre otras aplicaciones, las disciplinas formales proporcionan lenguajes numéricos y no numéricos para cuantificar, abreviar o formalizar relaciones empíricas entre eventos reales del mundo físico y social. Pueden emplearse como lenguaje descriptivo más preciso, por ser independientes de las convenciones culturales que influyen en la lengua común de un grupo social, o porque permiten cuantificar, es decir, discretizar numéricamente fenómenos cuya observación, medición o descripción sería ambigua en otro nivel lingüístico.
Por otro lado, los lenguajes formales permiten analizar contradicciones lógicas de los conceptos teóricos tomados de la lengua común y facilitan la explicación de reglas de inferencia con valor heurístico. Asimismo, proveen de modelos que permiten establecer "explicaciones" isomórficas mediante la comparación de sistemas lingüísticos (el formal y el empírico) "paralelos". De ahí la utilidad de las llamadas disciplinas formales o ciencias exactas, utilidad restringida, pues por sí mismas no constituyen requisito sine qua non de la "ciencia" como teoría y método.
En lo que respecta a las ciencias naturales y su diferencia metodológica con las ciencias sociales pueden hacerse algunos comentarios. Por un lado, ambas son históricas y pueden estudiarse longitudinalmente. Por consiguiente, la naturaleza histórica del fenómeno no es peculiar de las ciencias sociales; más bien, son los métodos de registro e interpretación del evento pasado los que determinarán el rigor del conocimiento alcanzado. Los fenómenos sociales pueden considerarse eventos únicos, no repetibles. Esto limita seriamente la determinación de la confiabilidad del registro de los eventos, a diferencia de las ciencias físico-naturales, cuyo testimonio es siempre más objetivo, es decir, no es un reporte verbal del evento, sino un resto o residuo físico de éste, o de un efecto del mismo, lo que se registra.
Por otra parte, el carácter complejo del fenómeno histórico-social impide su replicación experimental, es decir, su observación sistemática repetida, lo cual obliga a las ciencias sociales a hacer más hincapié en los aspectos interpretativos de sucesiones de eventos únicos que a los aspectos de la producción artificial del fenómeno. Ésta es una diferencia fundamental entre las ciencias naturales y las sociales. La diferencia no estriba en el método de investigación, sino en la calidad y replicabilidad de la observación realizada. La experimentación no es más que una observación sistemática producida.
En lo que se refiere a la interpretación de los fenómenos, las diferencias tampoco son tan abismales como suelen parecer. La interpretación no es más que la formulación de conceptos integradores de eventos distintos, lo que conocemos como la teoría o abstracción científico (sea cual fuere su nivel de complejidad). En las ciencias naturales, la actividad teórica está vinculada a una realidad física repetible que permite cotejarla y transformarla con base en la práctica experimental continuada y sistemática. La posibilidad de disponer de procedimientos impersonales (instrumentos) de registro y medición permite disminuir sensiblemente la participación del científico como deformador social del dato o fenómeno, aun cuando esto no se evita totalmente, pues la ideología influye invariablemente, por lo menos en la selección del problema a estudiar, en la interpretación del dato obtenido y en la aplicación del conocimiento resultante. Las ciencias sociales, por lo contrario, al ser fundamentalmente teóricas e interpretativas favorecen la influencia de la ideología social y del científico en la configuración misma del fenómeno a explicar.
La ideología no es sólo una falsa conciencia de nuestra relación con la realidad física y social, sino que también constituye un conjunto de prácticas normativas consecuentes de dichas creencias. Debe entenderse que la falsedad del conocimiento ideológico se refiere a su perspectiva como parte orgánica de una concepción clasista de la realidad. Al ser precisamente las ciencias sociales las que estudian el campo relativo a las interrelaciones entre los hombres y sus productos, esto permea ideológicamente su teoría, pues el trabajo del científico se realiza en condiciones sociales históricas particulares que determinan interpretaciones "oficiales" en determinado sentido. La práctica social, a diferencia de la de las ciencias naturales, no puede repetirse ni provocarse arbitrariamente, impedimento que limita la posibilidad de prevenir la contaminación ideológica del conocimiento científico en esta área.